Le 10 mai 1940, les troupes allemandes envahissent le territoire luxembourgeois.
Le Conseil d'État continue de siéger jusqu'à ce que le Gauleiter Gustav Simon décide sa dissolution en octobre 1940.
En septembre 1944, les membres du Gouvernement, qui s'étaient retirés à l'étranger lors de l'invasion allemande, rentrent au pays et reprennent leurs fonctions. La Grande-Duchesse Charlotte est accueillie par le peuple luxembourgeois en liesse, le 14 avril 1945, après quatre années d'exil.
Même si les institutions existant avant l'invasion reprennent leurs activités, le Conseil d'État est dissout le 16 novembre 1945 par arrêté grand-ducal au motif que sa composition « ne correspond plus aux exigences de la situation actuelle ». Seulement quatre conseillers d'État sur les douze ayant siégé au Conseil d'État avant la Guerre obtiennent une nouvelle nomination.
La première séance plénière du Conseil d'État après la Libération se tient le 18 décembre 1945.